Sejarah Program Pascasarjana UNISNU

Universitas Islam Nahdaltul Ulama Jepara pada mulanya berawal dari hasil diskusi yang dilaksanakan pada tanggal 20 Desember 1987 bertepatan tanggal 29 Robi’ul Akhir 1408 H, Pada mulanya, bentuk perguruan tinggi yang digagas adalah berupa IKIP untuk mewadahi kepentingan masyarakat bidang pendidikan umum yang sangat dibutuhkan kala itu. Namun karena kebijakan pemerintah yang belum memungkinkan, maka diambillah keputusan pendirian perguruan tinggi dalam bentuk institut Islam yang menginduk pada Departemen Agama. 
Melalui Surat Keputusan nomor LPM/04/0/III-88 tanggal 19 Pebruari 1988 bertepatan 3 Rajab 1408 H, terbentuklah tim persiapan pendirian, Untuk menindaklanjuti maka dibuat SK penujukan tim tersebut, pada tanggal 9-14 April 1988, pengurus LP. Ma’arif NU bersama panitia pendiri bersepakat melakukan langkah-langkah kongkrit perwujudan Perguruan Tinggi, yaitu: Membahas tentang wujud perguruan tinggi Islam (pada fase awal muncul masukan terkait nama institusi yaitu Institut Islam Ma’arif, Institut Islam Sultan Hadlirin, dan Penggunaan term NU); Menyiapkan surat ijin dan permohonan rekomendasi kepada Bupati Jepara (H. Hishom Prasetyo, SH.); Berkonsultasi ke Koordinator Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (KOPERTAIS) Wilayah Jawa Tengah yang dipimpin oleh Rektor IAIN Walisongo, Prof. Drs. H. Ahmad Ludjito (koordinator) dan Drs. H. Mahbub Masduki (Wakil Koordinator).
Setelah didapatkan rekomendasi dari Bupati Jepara dan Pengesahan Akte Yayasan INISNU, maka pengurus bersama-sama pengurus LP. Ma’arif NU menyusun proposal pendirian INISNU dan tanggal 29 Maret 1989 melakukan silaturrahim menghadap Rektor IAIN Walisongo, selaku Koordinator kopertais Wilayah Jawa Tengah. Dari pertemuan tersebut, Kopertais memberikan ijin atas beroperasinya INISNU Jepara. Sesuai dengan draft usulan, maka pada bulan Juli 1989 INISNU Jepara membuka pendaftaran mahasiswa baru untuk 3 (tiga) Fakultas, yaitu Fakultas Syari’ah, Tarbiyah, dan Dakwah.
Seiring perkembangan, akhirnya pada tanggal 7 Agustus 1991 terbit Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 176 tahun 1991 tentang Pemberian Status Terdaftar Program Sarjana (S1) kepada Fakultas Syari’ah Jurusan Peradilan Agama, Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam, dan Fakultas Dakwah Jurusan Penerangan dan Penyiaran Agama Institut Islam Nahdlatul Ulama (INISNU) Jepara. kemudian Yayasan INISNU dan LP. Ma’arif NU terus berupaya mengembangkan dan mengokohkan instititusi tersebut. 
Sebagai penyesuaian, Yayasan INISNU diubah menjadi Yayasan Pendidikan Tinggi Nahdlatul Ulama (YAPTINU) Jepara melalui Akta Notaris Benyamin Kusuma, SH. No. 5 tanggal 5 November 1996, dengan kepengurusan yang sama. Ada 2 (dua) tugas YAPTINU waktu itu, pertama memproses perijinan dan kedua membangun kampus baru untuk STIENU Jepara. Ijin operasional STIENU turun dengan SK Mendikbud RI No. 68/0/0/1997, tanggal 8 Oktober 1997 untuk Program Studi Manajemen dan Akuntansi, serta pendiriam Sekolah Tinggi Teknologi dan Desain Nahdlatul Ulama (STTDNU) Jepara berhasil dengan Ada dua program studi yang diijinkan, yaitu Desain Produk dan Teknik Industri, semuanya Strata-Satu (S1). 
Pada akhir (2012) INISNU, STIENU dan STTDNU berubah bentuk menjadi UNIVERSITAS ISLAM NAHDLATUL ULAMA (UNISNU) JEPARA dengan Fakultas dan Program Studi sebagaimana tertuang dalam keputusan SK. Mendikbud 149/E/O/2013 tanggal 26 April 2013, yang sebelumnya didahului dengan keluarnya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No. 2744 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Magister pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta tanggal 14 Desember 2012. pada tanggal 1 Juli 2014 Dirjend. Pendidikan Islam kembali mengabulkan SK Ijin operasional penyelenggaraan prodi Perbankan Syari’ah melalui SK Nomor 3656 tahun 2014. pada tanggal 29 Agustus 2016 melalui Keputusan Menristekdikti nomor 247/KPT/I/2016 diberikan ijin prodi Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini (PG PAUD) dan tanggal 8 November 2016 keluar kembali ijin Prodi Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PG SD) dengan SK No. 470/KPT/I/2016. Sampai pada tahun 2017, tercatat jumlah program studi yang dilenggarakan UNISNU Jepara berjumlah 19 (sembilan belas) program studi.